Nachdem sie bis ins Jahr 1944 in der Zeit zurückversetzt worden sind, wird die „Enterprise“-Crew Zeuge einer desaströsen Version des zweiten Weltkrieges, in der die Nazis mit Hilfe von unheimlichen Aliens die Vereinigten Staaten erobert haben und jetzt das Weiße Haus kontrollieren.

Als er die Nazi-Aliens bekämpft, um sie davon abzuhalten die Zeitmaschine fertig zu stellen, die es Ihnen ermöglicht den temporalen kalten Krieg anzufachen, wirbt Captain Archer einen Suliban-Agenten an, um ihm zu helfen den gefangen genommenen Trip Tucker zu befreien. Erpicht darauf Tausende von genetisch veränderten Embryos wieder zu erwecken, übernehmen Soong und die Verbesserten die medizinische Einrichtung, in der die Embryos verwahrt werden, und bedrohen die Mitarbeiter der Station. Archers Versuche den Gefangenen zu helfen haben den einzigen Erfolg, alles nur noch schlimmer zu machen.

Im Anschluss an einen Heldenempfang für die Rückkehr der „Enterprise“ zur Erde, gerät Archer mit dem vulkanischen Botschafter Soval aneinander. Währenddessen stellt T’Pol ihrer Mutter Trip vor, und ist verwundert darüber, welche Auswirkungen ihre Handlungen auf die Karriere ihrer Mutter hatten.

Als eine Gruppe der Supermenschen ein klingonisches Kriegsschiff angreift und entert, wird Archer beauftragt sie abzufangen. Um die Ermittlungen zu unterstützen, ersucht Archer den brillianten aber inzwischen gefangenen Wissenschaftler Dr. Arik Soong um Hilfe.

Entschlossen, tausende von genetisch gealterter Embryos aufzuwecken, übernehmen Soong und die Verbesserten die Macht über die medizinische Einrichtung. Sie bedrohen das Stationspersonal. Archers Bemühungen, den Gefangenen zu helfen, resultieren nur in einer Verschlimmerung der Situation.

Der vor Archer flüchtende Soong ist geschockt, als er herausfindet, dass der führende Verbesserte, Malik einen diabolischen Plan hat - die gestohlenen, tödlichen Pathogene dazu zu benutzen, einen Krieg zwischen Klingonen und Menschen anzuzetteln, der den Verbesserten erlaubt ihre Macht zu stärken.

Ermittlungen zu einem vulkanischen Bombenattentat, das das Leben von Admiral Forrest gefordert hatte, führen Archer und seine Crew zur Verdächtigung einer radikalen vulkanischen Sekte, den Syranniten. Bei der Verfolgung der Sekte erhält Archer ein verblüffendes „Geschenk“.

Während das vulkanische Oberkommando zu der Überzeugung kommt das syrannitische Schutzgebiet zu bombardieren, versuchen Archer und T’Pol mit der „katra“ von Surak aus dem Gebiet zu entkommen. Inzwischen deckt der in Ungnade gefallene Botschafter Soval einen schrecklichen Betrug bei Machtspielchen auf.

Während Archer und T’Pol bestrebt sind das mächtige vulkanische Relikt zum Oberkommando zurückzubringen, versucht Trip einen Krieg zwischen den Vulkaniern und den Andorianern abzuwenden, indem er Sovals Beweise zum andorianischen Commander Shran bringt. Shran lässt sich nicht überzeugen, er entführt und foltert Soval.

Emory Erickson, Erfinder des Transporters, besucht die „Enterprise“, um innovative Experimente auszuführen. Als jedoch ein Sternenflotten-Offizier von einem amorphen Wesen getötet wird, offenbart sich, dass Ericksons Versuche einen versteckten Zweck hatten.

Als die „Enterprise“ gleichzeitig von einem tödlichen Virus und Aliens, die menschliche Körper bewohnen um sie zu erforschen, befallen wird, sehen sich Hoshi, Trip und schließlich auch Archer dem Tod gegenüber. Obwohl die Aliens die Mannschaft retten könnten verweigern sie dies.

Archers Versuche, den lang andauernden Handelskonflikt zwischen den Andorianern und Tellariten zu beenden, werden vereitelt, als die zwei Rassen scheinbar die Schiffe der anderen angreifen. Ein darauf folgender Angriff auf die „Enterprise“ enthüllt einen verborgenen Aggressor.

Die andorianisch-tellaritischen Verhandlungen werden unterbrochen als der andorianische Commander Shran den Tellariten Graal zu einem Duell auf Leben und Tod herausfordert. Im Interesse des Friedens nimmt Archer Graals Platz im Kampf ein, von dem es kein Zurück gibt.

Als sie herausfinden, dass die romulanischen Dronen-Schiffe von Gehirnwellen einer andorianischen Unter-Spezies kontrolliert werden, versuchen Shran und Archer die telepathischen und verschlossenen Aenar zu kontaktieren, und lösen damit eine fatale Kette von Ereignissen aus.

Von den Klingonen gekidnappt und von der Erde weggeschafft, wird Phlox gezwungen sich an Forschungen zu beteiligen um eine Behandlung für eine Krankheit zu finden, die bei Versuchen klingonische Verbesserte zu entwickeln entstanden ist. Weil er versucht Phlox zu helfen, hält Reed wichtige Informationen vor Archer zurück.

Neuerdings unter dem Kommando von Captain Hernandez, verfolgt Trip Tucker mit dem Raumschiff Columbia Phlox bis ins klingonische Territiorium. Währendessen verlangt Archer, dass Reed seine geheimen Befehle offen legt, und T’Pol versucht ein schwieriges Thema mit Trip zu klären.

Während er Geschäfte mit einem orionischen Geschäftsmann macht, wird Archer ein Geschenk überreicht: drei orionische Sklavinnen. Zum Leidwesen der weiblichen Besatzung der „Enterprise“ verführen die heiratswütigen grünen Frauen schnell alle Männer an Bord – bis auf einen.

Im Spiegeluniversum macht eine unmoralische imperialistische Version der „Enterprise“-Crew unter der Führung von Captain Forrest eine erstaunliche Entdeckung während einer Mission in feindlichem Gebiet. Forrests heimtückischer erster Offizier, Archer, ergreift schnell die Gelegenheit.

An Bord des futuristischen Raumschiffs „Defiant“ heckt Archer einen Plan aus um die Kontrolle über das Erden-Imperium zu erlangen. Ein heuchlerischer Liebhaber, ein verräterischer erster Offizier, ein Gorn als blinder Passagier und diverse tholianische Schiffe haben aber andere Pläne für den Captain.

Als Archer und die Crew für die historische Sternenflotten-Konferenz zur Ratifizierung der Föderation der Planeten zur Erde zurückkehren, entdecken sie eine gefährliche Verschwörung einer radikalen fremdenfeindlichen Gruppe. Derweil erfahren Trip und T’Pol bizarre Neuigkeiten.

Während Paxtons Drohungen, das Sternenflottenkommando zu zerstören, wenn nicht alle Aliens sofort die Erde verlassen, stellt der radikale menschliche Isolationist den Geiseln Trip und T’Pol seine Schöpfung vor: Ein Baby, das aus der Kombination ihrer DNA geschaffen wurde.

Im 24. Jahrhundert nehmen Counselor Deanna Troi und Commander Riker an einer Holodeck-Simulation der letzten Mission von Captain Archers Crew vor der Unterzeichnung der Föderations-Charta teil: Die Rettung der gekidnappten Tochter des andorianischen Kommanders Shran.